Najstaršie dejiny našich farností sú poväčšine zahalené rúškom tajomstiev. Niet sa čo čudovať, ak si uvedomíme, že od 13. - 14. storočia, kedy reálne vznikla aj tunajšia farnosť, uplynuli dlhé stáročia, vyplnené mnohými pohnutými udalosťami, najmä reformáciou, ktorá prerušila kontinuitu katolicizmu medzi stredovekom a novovekom. No aj z toho mála, ktoré sa zachovalo zapísané v starých dokumentoch a vryté dlátom do kostolných kamenných kvádrov, vieme, že najstaršie zmienky o sabinovskej farnosti sú z rokov 1332-1337, teda z čias, kedy sa v našej krajine vyberali pápežské desiatky, určené na podporu križiackych výprav. Vtedy tu bol farárom kňaz Mikuláš. Tam, kde je farnosť a farár, musí byť i farský kostol. V tomto období u nás stáli kostoly vybudované v románskom slohu. Sabinovský kostol bol postavený niekedy na začiatku 14. storočia a zasvätili ho sv. Jánovi Krstiteľovi. Teda vtedajší kostol nemal dnešnú podobu a vedľa neho ešte nestál malý kostolík. Svätyne stredovekých kostolov smerovali zásadne na východ, odkiaľ má v parúzii prísť Kristus na konci svetových dejín. Na posvätnej pôde okolo kostola boli vždy pochovávaní mŕtvi kresťania.

Po neslýchanom vystúpení Martina Luthera (1517) sa jeho reformačné spisy dostali veľmi skoro i do našej krajiny. Zložitá spoločensko-náboženská situácia v prvej polovici 16. storočia spôsobila pomerne rýchle rozšírenie reformácie. V roku 1546 spolu rokovali východoslovenské kráľovské mestá Košice, Prešov, Bardejov, Sabinov a Levoča o náboženských otázkach a dohodli sa, že sa budú pridržiavať augsburského vierovyznania. Nariadenia uhorského smenu a panovníka Ferdinanda I. podnietili vznik rôznych vierovyznaní u nás. Kráľovskí komisári prišli v roku 1549 do Prešova preskúmať náboženskú situáciu. Úzko spojené východoslovenské mestá, v ktorých sa vtedy už šíril luteranizmus, predostreli vlastné vierovyznanie, tzv. Confessio Pentapolitana. Bolo formulované veľmi obratne podľa nemeckého vzoru a pretože nejestvovalo ani nejaké jasné katolícke učenie (Tridentský koncil, ktorý tak učinil, zasadal až v rokoch 1545-64), kráľovskí úradníci ho prijali. Sabinov sa tak stáva jednou z bášt protestantizmu na východe Slovenska.

Obdobie 18. storočia bolo u nás časom konsolidácie cirkevných pomerov po reformácii. Územie dnešnej Košickej arcidiecézy vtedy patrilo do Jágerského biskupstva (až do roku 1804). V tomto osvietenskom storočí sa uskutočnili dve veľké vizitácie farností osvieteným pánom biskupom z Jágru (dnes Eger, Maďarsko). Ten cestoval niekoľko mesiacov po celom svojom rozsiahlom biskupstve, aby navštívil všetky farnosti. Pri tejto príležitosti boli spísané veľmi presné a podrobné záznamy o stave farností, majetkoch, veriacich i duchovných; osobitne sa uviedli záznamy o kostoloch, o filiálkach či o školách. Tieto latinsky písané dokumenty sú preto pre poznanie našich dejín veľmi dôležité. Ich význam je dokonca natoľko dôležitý, že dodnes neboli tieto vizitácie prekonané. Samozrejme, že cestovanie v 18. storočí bolo oveľa namáhavejšie a zdĺhavejšie než dnes. Jednak neboli vždy dobré cesty, počasie atď. Vtedajší zapisovatelia mali aj za týchto okolností zmysel pre humor. Vo vizitácii Humenného je totiž takáto veta, ktorej voľný preklad znie: „S Božou pomocou sme sa [z Jágru] doterigali až do mesta Humenné.“ Pán biskup pri takejto zriedkavej návšteve udelil sviatosť birmovania, ktorú prijímali všetky generácie veriacich, od siedmeho roku života až po deväťdesiaty. Nečudo, veď birmovka sa udeľovala raz za 25 - 40 rokov!

Prvú vizitáciu konal biskup Karol Barkóczi v roku 1749. V našom prípade, v stredu 13.augusta pricestoval z Toryšského dekanátu do Sabinova, 14.augusta bol v našom meste a v piatok 15.augusta odcestoval ďalej. V roku 1775 biskup Karol Eszterházy uskutočnil druhú vizitáciu v 18. storočí. Vizitačný protokol je datovaný utorkom 16. júna. Bola to zároveň posledná návšteva jágerského biskupa v Sabinove.

Rakúsky cisár a uhorský kráľ František I. dvorným dekrétom z 5. augusta 1803 nariadil rozdelenie Jágerského biskupstva na tri časti. Nové biskupské sídla sa mali zriadiť v Satu Mare (Ru­munsko) a v Košiciach, Jáger bol povýšený na sídlo arcibisku­pa. Zakladajúci diplom Košického biskupstva je z 23. marca 1804. Boli vymenovaní aj noví biskupi. Pápež Pius VII. pod vplyvom štátneho tajomníka Consalviho 9. augusta 1804 bulou Super universas orbis terrarum Ecclesias nariadil rozdelenie Jágerského bis­kupstva, jeho povýšenie na arci-biskupstvo a zároveň pripojil Rožňavské a Spišské biskupstvo do novovzniknutej jágerskej cirkevnej provincie. Ďalšia pápežská bula In universa gregis Dominici cura z to­ho istého dňa potvrdila zriadenie Košického biskupstva. Prvým košickým biskupom sa stal Ondrej Sabó (1804-19). On vykonal povinnú prvú vizitáciu nového biskupstva. Do Sabinova zavítal vo štvrtok 15. júla 1813.

Okrem vizitácií farári písali historiae domus, v ktorých sa zapisovali všetky aktuálne udalosti, ktoré sa stali vo farnosti. Boli to akési kroniky, ktoré sú tiež významným historickým pramenným materiálom.