Hlavný oltár sv. Jána Krstiteľa, ktorý dnes v kostole dominuje, nie je originálny, preto si stručne priblížime jeho osud. Pôvodný oltár stál na tom istom mieste ako dnešný. Pochádza z rokov 1510-1516 a bol vyhotovený v gotickom slohu. Niektorí datujú tri hlavné sochy do roku 1490. Na predele oltára sú na stranách erby Uhorska a Poľska.
V roku 1895, za vtedajšieho farára Petra Hartsára (1891-1923), sa začala rozsiahla vnútorná oprava celého kostola. Kostol vtedy vymaľovali, boli vyrobené a do okien osadené nové farebné vitráže. Urobila sa aj nová strecha na kostole. Pri maľovaní kostola objavili staré, zrejme gotické fresky na stenách, no vraj sa už nedali obnoviť. Stav hlavného oltára a dvoch bočných oltárov (oltár sv. Anny a Zvestovania) boli tak spráchnivené, že ich oprava bola nevyhnutná. Oprava priamo v Sabinove údajne nebola možná, preto bol na žiadosť pamiatkového úradu tento gotický skvost s povolením biskupa Konštantína Schustera (1877-1887) v roku 1896 prevezený do Budapešti, hlavného mesta vtedajšieho Uhorska, kde ale skonštatovali, že sa zreštaurovať už nedajú. Ministerstvo kultu ich umiestnilo do múzea, no súčasne sa zaviazalo, že namiesto starých oltárov dá na vlastné náklady vyrobiť a postaviť nové. V roku 1899 bol postavený nový hlavný oltár, no starému sa ani zďaleka nevyrovnal. Ďalšie dva bočné oltáre dalo spomenuté ministerstvo postaviť v roku 1906. V roku 1918 došlo k rozpadu Rakúsko-uhorskej monarchie, a tak sa sabinovský oltár už asi navždy ocitol na území cudzieho štátu. Dnes sa tieto tri oltáre nachádzajú v Magyar Nemzeti Galéria v Budapešti.
A. Sv. Ján Krstiteľ
B. Madona s Ježišom
C. Sv. Peter
D. Sv. Barbora
E. Sv. Margita
F. Sv. Katarína
G. Sv. Dorota
H. Panna Mária
I. Starozákonná Alžbeta
J. Sv. Štefan, kráľ
K. Sv. Ladislav
L. Bolestný Kristus
M. Sv. Martin
N. Sv. Vavrinec
1. Anjel zvestuje narodenie J. Krstiteľa
2. Narodenie sv. Jána Krstiteľa
3. Kristov krst
4. Sv. Ján Krstiteľ pred Herodesom
5. Kázeň sv. Jána Krstiteľa
6. Sv. Ján Krstiteľ ako pustovník
7. Sťatie sv. Jána Krstiteľa
8. Herodesovi ukazujú hlavu sv. Jána Krstiteľa
9. Zvestovanie Panne Márii
10. Narodenie Pána
11. Posledná večera
12. Modliaca sa postava pred kostolom
13. Ecce homo (Hľa, človek)
14. Ukrižovanie Ježiša Krista
15. Kristus uprostred dvanástich apoštolov
16. Žehnanie neznámemu mužovi
17. Kristus kráča po vode
18. Premenenie Pána
19. Nanebovstúpenie Pána
20. Sv. Trojica so spievajúcimi anjelmi
21. Kristus v predpeklí
22. Zmŕtvychvstanie
23. Trúby Posledného súdu
24. Boh Otec, Panna Mária a Kristus
V roku 1895, za vtedajšieho farára Petra Hartsára (1891-1923), sa začala rozsiahla vnútorná oprava celého kostola. Kostol vtedy vymaľovali, boli vyrobené a do okien osadené nové farebné vitráže. Urobila sa aj nová strecha na kostole. Pri maľovaní kostola objavili staré, zrejme gotické fresky na stenách, no vraj sa už nedali obnoviť. Stav hlavného oltára a dvoch bočných oltárov (oltár sv. Anny a Zvestovania) boli tak spráchnivené, že ich oprava bola nevyhnutná. Oprava priamo v Sabinove údajne nebola možná, preto bol na žiadosť pamiatkového úradu tento gotický skvost s povolením biskupa Konštantína Schustera (1877-1887) v roku 1896 prevezený do Budapešti, hlavného mesta vtedajšieho Uhorska, kde ale skonštatovali, že sa zreštaurovať už nedajú. Ministerstvo kultu ich umiestnilo do múzea, no súčasne sa zaviazalo, že namiesto starých oltárov dá na vlastné náklady vyrobiť a postaviť nové. V roku 1899 bol postavený nový hlavný oltár, no starému sa ani zďaleka nevyrovnal. Ďalšie dva bočné oltáre dalo spomenuté ministerstvo postaviť v roku 1906. V roku 1918 došlo k rozpadu Rakúsko-uhorskej monarchie, a tak sa sabinovský oltár už asi navždy ocitol na území cudzieho štátu. Dnes sa tieto tri oltáre nachádzajú v Magyar Nemzeti Galéria v Budapešti.
A. Sv. Ján Krstiteľ
B. Madona s Ježišom
C. Sv. Peter
D. Sv. Barbora
E. Sv. Margita
F. Sv. Katarína
G. Sv. Dorota
H. Panna Mária
I. Starozákonná Alžbeta
J. Sv. Štefan, kráľ
K. Sv. Ladislav
L. Bolestný Kristus
M. Sv. Martin
N. Sv. Vavrinec
1. Anjel zvestuje narodenie J. Krstiteľa
2. Narodenie sv. Jána Krstiteľa
3. Kristov krst
4. Sv. Ján Krstiteľ pred Herodesom
5. Kázeň sv. Jána Krstiteľa
6. Sv. Ján Krstiteľ ako pustovník
7. Sťatie sv. Jána Krstiteľa
8. Herodesovi ukazujú hlavu sv. Jána Krstiteľa
9. Zvestovanie Panne Márii
10. Narodenie Pána
11. Posledná večera
12. Modliaca sa postava pred kostolom
13. Ecce homo (Hľa, človek)
14. Ukrižovanie Ježiša Krista
15. Kristus uprostred dvanástich apoštolov
16. Žehnanie neznámemu mužovi
17. Kristus kráča po vode
18. Premenenie Pána
19. Nanebovstúpenie Pána
20. Sv. Trojica so spievajúcimi anjelmi
21. Kristus v predpeklí
22. Zmŕtvychvstanie
23. Trúby Posledného súdu
24. Boh Otec, Panna Mária a Kristus