Atentát a podstúpené operácie oslabili pápežovo zdravie a fyzické sily. Začali ho sužovať choroby. Z atléta na Petrovom stolci sa stal pápežom, ktorý bol poznačený stigmou utrpenia, ktorú premenil na nástroj apoštolátu. Na klinike Gemelli podstúpil päť operácií. Posledné roky, mesiace a týždne služby lásky Jána Pavla II. boli poznačené bolesťou, neschopnosťou chodiť, ťažkosťou hovoriť, krížom, ktorý niesol pokojne s mimoriadnou silou, trpezlivosťou, s dôverou v Krista a v jeho Matku. Jeho slová o bolesti a utrpení dávali hlboký zmysel ľudskému utrpeniu. V apoštolskom liste ,,Salvifici doloris“ napísal: ,,Trpiaci človek slúži, ako to chcel Kristus, na spásu svojich bratov a sestier. Vozičkár je potrebný pre ľudstvo rovnakým spôsobom ako inžinier, ktorý stavia mosty, domy či kozmické lode.“ Keď mu ponúkali, aby pre chorobu odišiel z pápežského stolca, odpovedal vzácnou vetou: ,,Z kríža sa neodchádza.“ Ľudia prijímali tieto posolstvá s dojatím.
Po prvýkrát za 26 rokov pápež nemohol predsedať obradom Veľkonočného trojdnia. Na Veľký piatok v roku 2005 Svätý Otec sedel pred oltárom a televíznou obrazovkou vo svojej súkromnej kaplnke vo Vatikáne. V Koloseu sa konala Krížová cesta. Pri štrnástom zastavení vzal do rúk kríž, pritlačil si k nemu tvár a pobozkal trpiaceho Krista.
27. marca, keď sa na poludnie objavil v okne svojej pracovne, aby udelil apoštolské požehnanie Urbi et Orbi, nedokázal už vysloviť slová, urobil iba znamenie kríža a gestom odpovedal na pozdravy veriacich. Toto gesto bezmocnosti, ako aj dojemné mlčanie Petrovho nástupcu, zanechali nezmazateľný dojem v srdciach ľudí celého sveta.
Vedel, že sa preňho blíži čas prejsť do večnosti a po dohode s lekármi sa rozhodol ostať vo Vatikáne, kde mal zabezpečenú nevyhnutnú lekársku starostlivosť. Chcel trpieť a zomrieť vo svojom dome a zostať pri hrobe apoštola Petra.
Posledný deň svojho života – v sobotu 2. apríla sa rozlúčil so svojimi najbližšími spolupracovníkmi z Rímskej kúrie. Popoludní v jednej chvíli povedal: ,,Nechajte ma odísť k Pánovi.“ Okolo 17.00 hod. prítomní odriekavali prvé vešpery z nedele Božieho milosrdenstva. Svätý Otec viackrát objal pohľadom svojich najbližších spolupracovníkov a lekárov, ktorí bdeli vedľa neho. Na stene pred posteľou bol zavesený obraz trpiaceho Krista a obraz Panny Márie Čenstochovskej. Na stolíku bola fotografia jeho rodičov. O ôsmej hodine večer pri posteli umierajúceho pápeža slúžili sv. omšu, ktorej predsedal Stanislav Dziwisz. Pred obetovaním kardinál Marian Jaworski mu vyslúžil sviatosť pomazania chorých a počas sv. prijímania prijal Svätý Otec Kristovu krv ako viatikum. Sedemdesiattsícový zástup na vatikánskom námestí odriekal modlitbu sv. ruženca. O 21.37 hod. Ján Pavol II. opustil túto zem. Prítomní bez toho, aby sa dohodli, začali spievať Te Deum. So slzami v očiach vzdávali vďaky Bohu za dar osobnosti Svätého Otca a za jeho veľký pontifikát. Správa o jeho smrti sa rozletela po celom svete. Milióny ľudí úprimne zaslzili a začali sa modliť za jeho dušu.
Telo zosnulého pápeža bolo z Apoštolského paláca prenesené do Baziliky svätého Petra. Päť miliónov veriacich čakajúcich v niekoľko kilometrovom zástupe vzdávalo úctu mŕtvemu telu Jána Pavla II. Iste každý z nich mal svoj osobný príbeh s Veľkým pápežom.
Pohrebným obradom predsedal súčasný pápež Benedikt XVI., ktorý na záver homílie počas pohrebnej omše za Jána Pavla II. povedal: ,,Môžeme si byť istí, že náš milovaný Svätý Otec je teraz v okne nebeského Otca, vidí nás a žehná nám.
Blahoslavený Ján Pavol II. – oroduj za nás
(koniec)